El 25 de Junio 2006 un grupo de militares cruzó la valla que separa la franja de Gaza de Israel, atacó un puesto militar -matando a otros dos soldados israelíes- y capturó a Gilad Shalit.
Desde su captura, Gilad Shalit se convirtió en una posible pieza de negociación para Hamás frente al gobierno israelí, conocido por la prioridad que pone en el rescate de ciudadanos detenidos por organizaciones anti israelíes. Según publicó el Comité Internacional de la Cruz Roja, hasta el 10 de diciembre de 2008 no habían podido visitar a Shalit ni restablecer el contacto entre el prisionero y su familia. Posteriormente, en el año 2009, se ha visto pruebas gráficas que demuestran que está vivo y que no murió en los bombardeos de enero de ese mismo año en Gaza.
Como muestra de que seguía vivo, el 2 de octubre de 2009 Hamás entregó un video a Israel a cambio de la liberación de veinte presas palestinas. En el video aparecía Shalit en buen estado físico y mental, leyendo un periódico palestino del 14 de septiembre.
En octubre de 2011, Israel llegó a un acuerdo con Hamás para la liberación de alrededor de un millar de presos palestinos a cambio del retorno de Shalit a Israel. Se acordó que el canje se realizase por fases y con la mediación de Egipto. Pese a las manifestaciones en contra de decenas de ultraderechistas y víctimas del terrorismo, el Consejo de Ministros de Israel ratificó el acuerdo por amplia mayoría (26 a favor, 3 en contra) la madrugada del 11 de octubre. Poco después, Mahmoud Abás, presidente de la Autoridad Nacional Palestina, lo confirmaba durante una conferencia de prensa en Caracas, tras una reunión con el presidente venezolano. Noam Shalit, padre del soldado, felicitó al Gobierno tras ver aprobado el acuerdo «por la valerosa decisión» y al primer ministro israelí «por el liderazgo que ha demostrado».
El 18 de octubre de 2011 Shalit fue entregado por las autoridades de Hamás en Gaza a representantes de la Cruz Roja y funcionarios egipcios en el paso fronterizo de Rafah; posteriormente fue entregado a Israel y trasladado a Kerem Shalom. Israel excarceló a 477 presos palestinos, en la primera fase del canje acordado con Hamás. Shalit ha declarado que espera que «este canje pueda servir para conseguir la paz entre israelíes y palestinos y reforzar la cooperación».
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