El 29 de junio de 1967, durante la , se eliminó la frontera que dividía de , lo que permitió que, a partir de ese día, hubiese libre circulación entre ambas partes de la ciudad unificada.
En la primavera de 1967, el 15 de mayo, el entonces Presidente de Egipto, Gamal Abdel Nasser, expulsó a la Fuerza de Paz de la ONU de la península del Sinaí. Posteriormente ordenó el cierre del estrecho de Tirán a los movimientos de la marina í, transgrediendo la ley internacional. El 31 de mayo, Egipto comenzó movimientos de tropas en el desierto de Sinaí: 100.000 soldados, un millar de tanques y 500 piezas de artillería. Egipto y Jordania firmaron un acuerdo de defensa mutua. Siria, Irak y Jordania convocaron a sus ejércitos. Kuwait, Arabia Saudita, Sudan y Argelia despacharon tropas y armamentos.
se encontró rodeado por más de 250.000 soldados, más de 2.000 tanques y 700 cazas de combate. El Presidente de Irak declaró que su objetivo era claro: «Borrar a del mapa». El 4 de junio se encontraba en Guerra en tres frentes. EE.UU. declaró una posición neutral y ordenó el embargo de armas en la región, junto a Francia. La URSS envió enormes cantidades de armamentos y pertrechos a los países árabes. Frente al creciente aislamiento en la arena internacional, el llamado a aniquilar a parecía algo factible.
En la mañana del 5 de junio de 1967 la Fuerza Aérea Israelí emprendió una ofensiva preventiva y destruyó la casi totalidad de las fuerzas aéreas de Egipto. Los tanques israelíes se lanzaron sobre el Sinaí y la costa oriental del Canal de Suez. Ese mismo día Jordania atacó a Israel. El 7 de junio, los soldados de Tzahal irrumpieron en la Ciudad Vieja de Jerusalem. Los paracaidistas corrieron, presa de la emoción, hacia el Muro de Los lamentos, y acariciaron sus sagradas piedras. El entonces comandante de la zona centro, General Mordejai Gur, proclamó la frase ya inmortalizada: «¡El Monte del Templo es nuestro!».
En 1950, Jordania había ocupado ilegalmente la Ciudad Vieja de Jerusalem. La ciudad ya estaba tomada por la Legión jordana desde el 28 de mayo de 1948. La anexión jordana fue reconocida solamente por Gran Bretaña y Pakistán. Las dos partes de la ciudad fueron separadas por alambradas y campos minados. Los soldados jordanos solían abrir fuego contra civiles israelíes, desde posiciones en las murallas de la Ciudad Vieja.
Ningún israelí, sin importar su credo, pudo ingresar a la Ciudad Vieja, violando el acuerdo del cese al fuego que Jordania e firmaron en marzo de 1949. Los turistas pudieron ingresar a la Ciudad Vieja solo lo hicieron demostrando que eran cristianos. Durante el período jordano se borraron todas las señales de en la ciudad. Se pavimentaron caminos con lápidas judías y se profanaron tumbas judías en el Monte de los Olivos. Más de 58 sinagogas, entre ellas la Jurba, construida hace siete siglos, fueron destruidas. Los judíos no pudieron visitar sus lugares sagrados, en especial el Muro de Los Lamentos, pero tampoco los musulmanes israelíes pudieron visitar los santos lugares del Islam que Jordania controlaba.
Después de la liberación de la ciudad y tras la caída de la frontera que dividía a el 29 de junio de 1967, la promulgó la Ley de los Santos Lugares, que garantiza el libre acceso y culto a los santos lugares de todas las religiones y concede autonomía a los diversos grupos religiosos en la administración de sus bienes y los sitios religiosos. También expandió la jurisdicción de la ciudad, incluyendo la zona oriental y la unificó bajo el Gobierno de y suprimió todas las leyes discriminatorias.
actuó con rapidez para que la vida volviera a la normalidad, incluido el derecho de los musulmanes a rezar en las mezquitas del Monte del Templo, a pesar de que el lugar es el sitio más sagrado para los judíos. En los hechos, recién en junio de 1967, después de que liberó la ciudad, fue abierta a todo el mundo. En junio de 1980, la Kneset sancionó la Ley Básica de como Capital de Israel, que destaca los derechos y obligaciones del Estado hacia la Ciudad.